4P (Plant Phenotyping Processing Platform)

Plateforme de traitement de données de phénotypage haut-débit au champ d' INRAE

4P est développée dans le cadre de l'infrastructure PHENOME-EMPHASIS depuis 2018. C'est une plateforme de traitement des données acquises dans les installations de phénotypage au champ des unités expérimentales d'INRAE. Ces données proviennent des différents systèmes utilisés dans PHENOME (PHENOMOBILEs, Drones, perches LITERAL) , équipés de capteurs divers (caméras RGB en stéréovision ou non, caméras multispectrales, LiDARs).

4P héberge une collection de modules de calcul enchaînés en workflows autonomes appelés macros et capables de traiter les données brutes acquises par les systèmes utilisées à INRAE pour obtenir les traits biophysiques et biologiques (hauteur, Fraction verte, green area index, inclinaison foliaire, densité d'épis, ...), lisibles et analysables par les utilisateurs (unités expérimentales, scientifiques INRAE des communautés FSPM (Functional Structural Plant Models), généticiens, télédétection,...). Ces données traitées sont archivées dans la base de données du système d'information PHIS développé conjointement par l'équipe MISTEA. Ce couplage avec PHIS permet ainsi d’assurer une traçabilité totale et le suivi des données et des chaines de traitement qui ont permis de générer ces traits d’intérêt, et donc, de répondre totalement aux critères d'exigence des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable).

4P est le résultat d'une collaboration étroite entre différentes entités, allant des utilisateurs finaux (unités expérimentales, UMR), à la conception d'algorithmes de traitement de données via le développement d'une interface conviviale et une gestion des données et des calculs, automatique et optimisée. La conception et le développement des chaînes de traitement de données sont en parties réalisées conjointement avec notre partenaire ARVALIS-Institut du végétal du LPA CAPTE (et auparavant de l'UMT éponyme qui incluait également l'entreprise HIPHEN) dans le cadre de l'infrastructure PHENOME-EMPHASIS.

D'abord dédiée aux grandes cultures, 4P s'etend aujourd'hui vers la communauté arboriculture fruitière et vigne gâce au pr projet AgroEcoPhen (PEPR AgorEcologie Et Numérique).

4p_Partners

 

Voir aussi

L'infrastructure PHENOME-EMPHASIS

Phenome-Emphasis est une infrastructure nationale en biologie santé (INBS) financée par l'ANR jusqu'à 2024, listée sur la feuille de route française pour les infrastructures, habilité par le GIS Biotechnologies Vertes et les pôles de compétitivité Céréales ValléeNutravitaTerraliaVégépolys et Vitagora. Il coordonne un projet européen infrastructure (EPPN2020) et est WP leader dans la phase préparatoire pour une infrastructure européenne (EMPHASIS, feuille de route ESFRI 2016). 

Date de modification : 17 juin 2024 | Date de création : 14 juin 2024 | Rédaction : M. Weiss