Objectif

Phenome-Emphasis est une infrastructure nationale en biologie santé (INBS) financée par l'ANR jusqu'à 2024. Les équipes de PHENOME développent des systèmes d'acquisitions et de traitement de données pour le phénotypage végétal (en conditions contrôlées, semi-contrôlées ou au champ) , ainsi  que des méthodes pour analyser la variabilité génétique des réponses des plantes au changement climatique (sécheresse, CO₂, élevé, hautes températures, maladies émergentes).

Rôle d'EMMAH/CAPTE dans PHENOME-EMPHASIS

Depuis 2014, l'équipe CAPTE INRAE, avec les membres de l'UMT éponyme, a joué un rôle clé dans l'infrastructure PHENOME-EMPHASIS pour le phénotypage végétal au champ: 

• en co-dirigeant avec ARVALIS-Institut du végétal le développement de systèmes d'acquisition (PHENOMOBILE, drone)
• en prototypant des chaînes de traitement pour traiter les données acquises par ces systèmes pour caractériser les grandes cultures via l'estimation de traits comme la hauteur, la structure, la surface de feuille, ou la composition biochimique)
• en développant une plateforme de traitement de données automatisée, 4P (Plant Phenotyping Processing Platform).

Ces travaux ont bénéficié des collaborations au sein de l'UMT et du projet et en particulier avec ARVALIS (B. de Solan, S. Thomas, G. Daubige), avec les unités expérimentales d'INRAE (UEs APC, DIASCOPE et PHACC) et l'unité INRAE MISTEA (systèmes d'information PHIS), ainsi que l'entreprise HIPHEN.

Aujourd'hui, EMMAH est responsable de la gestion de la plateforme 4P (M. Weiss, F. L'homme). Les développements d'algorithmes sont supervisés par R. Lopez-Lozano, S. Jay, et M. Weiss et réalisés par l'équipe de doctorants, post-doctorants et CDD de CAPTE (voir  la page membres). Nos travaux bénéficient aussi du support technique de M. Debroux et  F. Venault pour l'annotation des images pour entraîner les modèles d'IA. La collaboration avec l'équipe CIGALE d'ARVALIS reste toujours très étroite grâce à leur présence sur le site d'INRAE PACA rendue possible par la constitution d'un Laboratoire Partenarial Associé (LPA).

Partenariat  PHENOME-EMPHASIS